Dalam zaman pemerintahannya, Sultan Ahmad mengurniakan sebidang tanah dalam kawasan "Buluh Kubu" kepada puterinya yang bernama Tuan Kembang (dikenali juga sebagai Tuan Puteri) atau Tengku Puteri yang menjadi isteri kepada Tengku Besar atau Tengku Timun, yang menjadi Sultan di negeri Patani antara tahun-tahun 1881-1890 Masihi. Tuan Kembang ialah bonda kepada Tuan Bongsu (atau Tengku Sulaiman Syarifuddin) yang menjadi Sultan negeri Patani antara tahun-tahun 1890-1899 Masihi. Tengku Sulaiman Syarifuddin pula ialah ayahanda kepada Tengku Abdul Kadir Kamaruddin yang menjadi Sultan negeri Patani antara tahun-tahun 1899-1902 Masihi.

Tengku Abdul Kadir Kamaruddin ialah ayahanda kepada Tengku Ahmad Zainal Abidin bergelar Tengku Seri Akar Raja, Tengku Mahmud Mahiyiddin dan Tengku Zabidah (bonda kepada Tengku Ahmad Rithauddeen). Tengku Abdul Kadir Kamaruddin ialah Sultan negeri Patani yang terakhir kerana pada tahun 1902 Masihi kerajaan Siam yang menjadi penaung negeri Patani telah memansuhkan takhta kerajaan Melayu Patani, serta menangkap Tengku Abdul Kadir Kamaruddin atas tuduhan menderhaka kepada kerajaan Siam yang pada tahun itu merampas secara kekerasan negeri Patani dan menjadikannya sebuah wilayah takluk Siam. Setelah dibebaskan dari penjara pada tahun 1905 Masihi, Tengku Abdul Kadir Kamaruddin dan keluarganya melarikan diri ke Kota Bharu, Kelantan di masa baginda menetap tinggal hingga akhir hayatnya pada tahun 1933 Masihi.

Adapun tanah yang telah dikurniakan oleh Sultan Ahmad kepada Tuan Kembang atau Tengku Puteri itu diwarisi pula oleh Tengku Ahmad Zainal Abidin bergelar Tengku Seri Akar Raja ayahanda kepada Tengku Nurulaini isteri kepada Tengku Ahmad Rithauddeen. Kawasan itu sekarang terkenal dengan nama Kampung Tengku Seri Akar. Sebidang lagi tanah yang terdapat di sebelah hulu Istana Balai Besar dikatakan telah dikurniakan oleh Sultan Ahmad kepada salah seorang puteranya yang lain.

Di zaman akhir pemerintahan Sultan Ahmad itu juga beberapa orang putera dan puterinya telah membina kota istana mereka masing-masing di kawasan sebelah hulu bandar Kota Bharu. Kota-kota istana itu terkenal dengan panggilan Kota Temenggong iaitu kota istana kediaman Tuan Salleh yang bergelar Tengku Temenggong; Kota Tengku Seri Pekerma iaitu kota istana kediaman Tuan Sulaiman (atau Tuan Man) bergelar Tengku Seri Pekerma Raja; Kota Tengku Seri Maharaja iaitu kota istana kediaman Tuan Mahmud (atau Tuan Long Mahmud) bergelar Tengku Seri Maharaja; Kota istana Tengku Bendahara iaitu kota istana kediaman Tuan Chik Abdullah bergelar Tengku Bendahara. Saudara kepada Sultan Ahmad iaitu Tuan Jaafar (atau Tuan Abdul Ghafar) bergelar Tengku Temenggong (atau lebih dikenali dengan panggilan Tengku Putera Dalam Kebun) membuat kota istananya di sebelah hilir Bandar Kota Bharu.

Kemudian daripada mangkat Sultan Muhamad III, penggantinya iaitu Sultan Mansur (1891-1900 Masihi) tidak bersemayam di istana Balai Besar tetapi di istananya sendiri yang terletak di sebelah hilir panggung Odeon sekarang, kemudiannya didiami pula oleh Tuan Zainal Abidin bin Tuan Kundor bergelar Raja Muda (1900-1944 masihi) dan Raja Dewa (1944-1945 Masihi). Kota istana itu terkenal dengan panggilan Kota Raja Muda.

Kemudian daripada mangkat Sultan Mansur (dalam tahun 1900 Masihi) Sultan Muhamad IV (Tuan Senik bin Tuan Kundor, bergelar Raja Kelantan dari tahun 1900 hingga tahun 1920 Masihi) bersemayam di Istana Balai Besar. Sultan Muhamad IV inilah yang telah mengurniakan dua bidang tanah di dalam kawasan Buluh Kubu atau Dalam Kubu iaitu kepada Imam Haji Abdullah bin Haji Jalaluddin dan Encik Abu Bakar. Kawasan yang diberi kepada Imam Haji Abdullah dan Cik Abu Bakar kemudian terkenal dengan nama Kampung Imam Haji Abdullah dan Kampung Cik Bakar (kawasan yang bertentang dengan panggung Odeon sekarang). Sebidang tanah lagi telah dikurniakan oleh Sultan Muahad IV kepada Datuk Hassan bin Mohd Salleh, Menteri Besar Kelantan antara tahun-tahun 1900-1920 Masihi. Tanah itu terletak di bucu Jalan Kubang Pasu dan Jalan Puteri sekarang. Kemudian tanah itu dipusakai oleh Nik Abdul Rahman bin Nik Yusof (Datuk Amar Diraja).

Setelah mangkat Sultan Muhamad IV pada tahun 1920 Masihi, baginda digantikan oleh putera sulungnya, Tuan Ismail atau Tengku Ismail bergelar Sultan Ismail. Sultan Ismail tidak bersemayam di Istana Balai Besar, tetapi Istana Jahar (terletak berdekatan dengan Istana Balai Besar dan sekarang diduduki oleh Muzium Negeri Kelantan). Kira-kira pada tahun 1921 Masihi, Sultan Ismail mengurniakan beberapa bidang tanah di dalam kawasan Dalam Kubu/Buluh Kubu kepada beberapa kerabat diraja, orang-orang Raja dan Pembesar-pembesar Kelantan seperti Engku Biru, Datuk Perdana Menteri Paduka Raja (Haji Nik Mahmud bin Haji Ismail) dan lain-lain lagi.

Sultan Ibrahin, yang memerintah Kelantan di antara tahun-tahun 1944-1960 Masihi, bersemayam di istananya sendiri iaitu Istana Seri Cemerlang yang terletak di Jalan Kebun Sultan bertentangan dengan bucu Jalan Pintu Pong. Istana itu telah dirobohkan dalam tahun 1963 Masihi dan tapak kawasannya dijadikan kawasan rancangan perumahan. Tengku Yahya Petra, sebelum menjadi raja memerintah Kelantan dan bergelar Tengku Bendahara bersemayam di Istana Batu yang terletak di belakang Istana Jahar. Apabila menjadi sultan Kelantan pada tahun 1961 baginda bersemayam di Istana Kota Lama. Adapun Istana Kota Lama yang ada sekarang ini asalnya rumah kayu dan menjadi tempat kediaman rasmi Residen dan Pesuruhjaya Tinggi Siam di Kelantan yang dibina dalam tahun 1903 Masihi. Sebelum dari itu rumah kediaman rasmi Pesuruhjaya Siam di Kelantan terletak di kawasan Jabatan Kastam dan Eksais Kelantan sekarang iaitu di tepi Sungai Kelantan. Antara tahun-tahun 1903-1909 Masihi rumah itu diduduki oleh Tuan William Armstrong Graham, Residen dan Penasihat Kerajaan Siam di Kelantan. Dan dari tahun 1910 hingga tahun 1940 Masihi rumah itu (yang diperbuat daripada batu pula) diduduki pula oleh Pegawai Penasihat Inggeris di Kelantan. Dalam masa tahun-tahun 1941-1945 Masihi rumah itu telah diduduki oleh Pegawai Pentadbir Jepun bagi negeri Kelantan (1941-1943 Masihi) dan Gabenor atau Kaluong Siam di Kelantan (1943-1945 Masihi). Selepas perang dari tahun 1945 hingga tahun 1957 Masihi rumah itu diduduki kembali oleh Pegawai Penasihat Inggeris di Kelantan. Pada tahun 1961 Masihi rumah itu dinamakan Istana Kota Lama.

Bandar Kota Bharu mula berkembang dan maju sejak dari tahun 1903 Masihi apabila satu pentadbiran baru diasaskan. Hasil dari Perjanjian Inggeris dan Siam yang dimeterikan pada pertengahan tahun 1902 Masihi dalam mana Kerajaan-kerajaan Inggeris dan Siam bersetuju menganggap negeri Kelantan berada di bawah naungan Siam tetapi ditadbirkan secara Sistem Penasihat (Advisory System) oleh dua orang pegawai bangsa Inggeris iaitu seorang dari Perkhidmatan Awam Siam sebagai Residen dan Pesuruhjaya Tinggi Siam di Kelantan dan seorang lagi dari Perkhidmatan Awam Negeri-negeri Melayu Bersekutu sebagai Penolong Residen dan Pesuruhjaya Tinggi. Pada 25 Julai 1903 Masihi Tuan William Armstrong Graham dan Penolongnya Tuan H. W. Thomson tiba di Kota Bharu dari Bangkok dengan kapal perang Siam untuk memegang jawatan mereka masing-masing. Pentadbiran baru di negeri Kelantan itu terkenal dengan nama "Pentadbiran Graham" yang berjalan selama tujuh tahun dari 25 Julai 1902 hingga kepada 15 Julai 1909 Masihi. Apabila negeri Kelantan diserahkan oleh Siam kepada Inggeris mengikut Perjanjian Inggeris-Siam tahun 1909 Masihi.

Dalam tempoh tujuh tahun itu banyak perubahan telah berlaku baik dalam bidang pentadbiran negeri Kelantan mahupun pada bandar Kota Bharu. Beberapa Jabatan Kerajaan telah ditubuhkan iaitu Khazanah (Perbendaharaan) bertempat disebuah rumah kecil dalam kawasan rumah Istana Balai Besar disebelah hulu Istana; Mahkamah-mahkamah Rendah, Tengah dan Tinggi terletak di bangunan baru berdekatan dengan rumah kediaman Menteri Besar Kelantan, Datuk Hassan bin Muhd. Salleh. Pada tahun 1916 Masihi rumah kediaman Menteri Besar Datuk Hassan telah dibeli oleh Kerajaan dan dijadikan bangunan Majlis Agama Islam dan Adat Istiadat Melayu Kelantan; Pejabat Penjara terletak di bangunan penjara lama iaitu di antara bekas rumah kediaman Tengku Kalsom dan Tengku Meriam (isteri Sultan Ismail) dengan Hotel Temenggong sekarang dan pada zaman itu penjara tersebut terkenal dengan nama "Gok Burok"; Pejabat dan Balai Polis bertempat di kawasan Jabatan Kastam dan Eksais sekarang; Pejabat Pos dan Sekolah terletak di kawasan tiang bendera di sebelah matahari naik Padang Merdeka sekarang; Pejabat Cetak terletak di Jalan Sultanah Zainab sekarang di hadapan bekas Sekolah Arab Naim Perempuan; dan Pejabat Pelajaran dan Pejabat Tanah terletak di hadapan Istana Jalan Besar di sebelah hulu. Sebuah hospital baru juga dibina terletak di kawasan hadapan Pejabat Jajahan dan Tanah dan Pejabat Bandaran Kota Bharu sekarang. Sebelum dari itu Bangunan Hospital terletak di kawasan Kilang Mancis Api di Kampung Sungai Keladi. Di samping itu sebuah Pasar Besar baru telah juga dibina dalam tahun 1907 Masihi bertempat di kawasan Taman Sekebun Bunga sekarang. Pasar Besar ini terbakar dalam tahun 1927 Masihi lalu dibina yang baru pula di tempat sekarang ini. Dalam tahun 1908 Masihi sebuah Penjara baru siap dibina di sebelah matahari jatuh Padang Datuk Perdana (dahulu terkenal dengan nama Padang Churchill) berhampiran dengan Stadium Sultan Muhamad IV sekarang. Sebahagian dari tapak bangunan Penjara itu sekarang diduduki oleh bangunan pejabat Rancangan Membasmi Malaria.

Pada tahun 1909 Masihi negeri Kelantan diserahkan oleh Siam kepada Inggeris di bawah Perjanjian Inggeris-Siam tahun 1909 Masihi. Bandar Kota Bharu terus berkembang secara beransur-ansur. Pada tahun 1912 Masihi cawangan Mercantile Bank dibuka di Kota Bharu. Bangunan bank itu ialah seperti yang masih ada hingga sekarang ini terletak di sebelah hilir Padang Merdeka. Tapak bangunan bank itu asalnya rumah kediam Nik Yusof bin Nik Abdul Majid bergelar Datuk Seri Paduka yang menjadi Menteri Besar Kelantan antara tahun-tahun 1894-1900 Masihi. Pada tahun 1925 Masihi Masjid Muhammadi yang ada sekarang ini siap dibina. Bangunan masjid baru itu adalah dari batu menggantikan masjid kayu yang lama.

Dalam zaman negeri Kelantan di bawah pentadbiran penjajahan Inggeris dari tahun 1909 Masihi hingga kepada tahun 1941 Masihi apabila Jepun melanggar dan menakluki Tanah Melayu banyak sekali pejabat-pejabat baru telah dibina di Kota Bharu seperti Pejabat-pejabat Jajahan, Tanah dan Bandar, Pos dan Telegrap - masih ada hingga kepada masa sekarang ini, Mahkamah (berdekatan dengan bangunan Ibu Pejabat Polis Kelantan), Ibu Pejabat Polis Kelantan, Jabatan Kerja Raya (di Kampung Puteh), Hospital Besar dan lain-lain lagi. Begitu juga bangunan-bangunan lain seperti kedai-kedai terutama sekali di Jalan Sultanah Zainab, Jalan Tok Hakim, Jalan Temenggong, Jalan Tengku Petra Semerak dan di sekitar Pasar Besar Kota Bharu sekarang.

Sama seperti kebanyakkan petempatan awal, kebanyakkan penduduk Kelantan tertumpu di kiri kana Sungai Kelantan dan anak-anak sungainya. Raja dan pembesar Kelantan mula membina kubu-kubu istana di kuala-kuala dan juga di sepanjang sungai bagi memudahkan kerja-kerja mengutip cukai. Keadaan ini telah mendorong kebanyakkan rakyat tinggal di kuala kerana di situ barang-barang lebih murah kerana tidak dikenakan cukai berbanding dengan harga barang-barang di kawasan pendalaman.

Pada tahun 1926 Masihi bandar Kota Bharu mula menggunakan api elektrik yang dibekalkan oleh sebuah jentera sederhana yang ditempatkan di sebuah bangunan di Jalan Tok Hakim berhampiran dengan Pasar Besar Kota Bharu. Pada masa sekarang ini ibu sawat api elektrik adalah terletak di Lundang Jalan Pasir Puteh. Bekalan api elektrik mula di gunakan dalam bandar Kota Bharu pada akhir tahun 1926 Masihi dan mulai daripada awal tahun 1927 Masihi lampu-lampu minyak jalan raya dalam bandar Kota Bharu beransur-ansur digantikan dengan api elektrik yang dikendalikan oleh Jabatan Kerja Raya.

Kota Bharu, ibu negeri Kelantan, secara rasminya dibuka oleh Sultan Muhammad II pada tahun 1844. Akan tetapi kawasan petempatan di situ dipercayai telah diterokai lama sebelum itu.

Apabila Sultan Muhammad I mangkat pada tahun 1835, Long Zainal mengisytiharkan dirinya sebagai Sultan Kelantan. Long Senik yang telah diwasiatkan sebagai Sultan Muhammad I telah diketepikan dan hanya diberi gelaran Temenggung Aria Pahlawan. Dalam tahun 1835-1836 tercetus perang saudara di Kelantan di antara pihak Long Zainal dengan pihak Raja Bendahara. Dalam peperangan itu, Long Zainal telah kalah. Berikutan itu, pada tahun 1837, Raja Siam telah memperkenankan Long Senik Mulut Merah menjadi raja Kelantan, bergelar Sultan Muhammad II. Baginda juga dikenali sebagai Marhum Tua. Baginda merupakan sultan yang paling lama memerintah negeri Kelantan, kira-kira 49 tahun.

Selepas berlakunya perang saudara di Kelantan pada tahun 1837, Baginda telah berpindah dari istana di Kota Sekebun Semesta ke suatu tempat di sebelah tebing kiri di hilir Sungai Kelantan. Baginda telah mendirikan sebuah kota dan sebuah istana kayu yang besar di tampat itu. Istana Kayu yang dibina sebagai Istana Balai Besar.

Istana Balai Besar diilhamkan daripada seni bina istana raja-raja Melayu yang terdapat di Pattani, Thailand dengan pengaruh unsur seni bina Jawa. Kayu yang digunakan ialah kayu Cengal. Tukang kayu yang bertanggungjawab dalam pembinaan bangunan istana ini dikenali sebagai Salleh. Bangunan ini menjadi tempat bersemayam Sultan Muhammad II sehinggalah baginda mangkat pada 1886.

Selepas itu Istana Balai Besar menjadi tempat bersemayam putera baginda yang sulung, Long Ahmad yang diangkat menjadi Sultan Kelantan menggantikan ayahanda baginda. Sultan Ahmad mangkat pada tahun 1889 dan putera baginda yang bernama Tengku Kundur dilantik menjadi Sultan Kelantan, bergelar Sultan Muhammad III. Majlis pertabalan baginda diadakan di Istana Balai Besar.

Long Senik dilantik menjadi sultan selepas kemangkatan Sultan Mansur pada tahun 1900. Baginda memakai gelaran Sultan Muhammad IV (1900-1920). Istiadat pertabalan baginda diadakan di Istana Balai Besar tetapi baginda bersemayam di Istana Jahar.

Istana Jahar terletak berhampiran dengan Istana Balai Besar. Istana ini dibina oleh Sultan Muhammad II pada tahun 1886 untuk cucunda baginda, Long Kundur yang dilantik menjadi Raja Bendahara. Oleh sebab itu istana ini dulunya dikenali sebagai Istana Raja Bendahara. Pada tahun 1920, Sultan Muhammad IV menukarkan nama itu kepada Istana Jahar, mengambil sempena nama sebatang pokok yang hanyut lalu masuk ke dalam kawasan istana semasa berlaku banjir besar. Selepas kejadian itu, beberapa batang pokok Jahar di tanam di perkarangan istana. Sejak itu Istana Jahar menjadi tempat bersemayam sultan-sultan yang memerintah Kelantan seterusnya sehingga Sultan Yahya Putera berpindah ke sebuah istana baru. Kini Istana Jahar dijadikan Muzium Negeri Kelantan.

Di belakang Istana Jahar terdapat sebuah istana lain, Istana Seri Akar. Istana ini dibina pada akhir pemerintahan Sultan Muhammad II untuk dihadiahkan kepada cucunda baginda yang bernama Tengku Kembang Puteri atau ringkasnya Tengku Puteri.

Istana Akar terkenal sebagai tempat bersemayam bekas raja Melayu Pattani yang sudah tidak mempunyai negeri. Tengku Puteri berkahwin dengan dua orang raja Pattani, iaitu Tengku Putih dan selepas kemangkatannya pada tahun 1905, Tengku Abdul Kadir. Istana ini kemudiannya diwariskan kepada putera Tengku Puteri, Tengku Zainal Abidin yang bergelar Seri Akar Diraja. Apabila Tengku Seri Akar mangkat pada tahun 1933, istana ini ditinggalkan kepada puterinya yang bernama Tengku Muniratul Sahiah. Sejak tahun 1960-an, Istana Seri Akar tidak lagi diduduki.

Kini seluruh bangunan istana itu mengalami kerosakan dan yang tinggal hanya bangunan Balai Penghadapan.

Sejak terdirinya Istana Balai Besar di Buluh Kubu dalam tahun 1844 Masihi, rakyat mula membuat rumah-rumah kediaman dan kampung halaman mereka masing-masing di sebelah hilir dan hulu kawasan Buluh Kubu atau Dalam Kubu, sehingga lama-kelamaan menjadi perkampungan yang besar. Di zaman permulaannya, Kota Bharu merupakan sebuah bandar yang kecil lagi sempit kawasannya, mungkin didiami oleh antara 3000-5000 orang sahaja. Kawasan penting dan yang agak penuh sesak didiami orang pada zaman permulaannya ialah kawasan hilir bandar Kota Bharu yang lebih dikenali dengan nama Kampung Masjid dan Kubang Pasu atau Balik hilir dan kawasan hulu yang meliputi Jalan Haji Cik Su (Kampung Gajah Mati) dan Jalan Tok Hakim sekarang ini. Pusat perniagaan dan pasar Kota Bharu mula-mulanya terletak di kawasan tepi Sungai Kelantan kira-kira di sekitar Taman Sekebun Bunga sekarang ini (di sebelah hilir panggung Lido sekarang). Di luar kawasan-kawasan yang tersebut itu pada masa itu ialah tanah belukar dan padang.