Kota Bharu, ibu negeri Kelantan, secara rasminya dibuka oleh Sultan Muhammad II pada tahun 1844. Akan tetapi kawasan petempatan di situ dipercayai telah diterokai lama sebelum itu.

Apabila Sultan Muhammad I mangkat pada tahun 1835, Long Zainal mengisytiharkan dirinya sebagai Sultan Kelantan. Long Senik yang telah diwasiatkan sebagai Sultan Muhammad I telah diketepikan dan hanya diberi gelaran Temenggung Aria Pahlawan. Dalam tahun 1835-1836 tercetus perang saudara di Kelantan di antara pihak Long Zainal dengan pihak Raja Bendahara. Dalam peperangan itu, Long Zainal telah kalah. Berikutan itu, pada tahun 1837, Raja Siam telah memperkenankan Long Senik Mulut Merah menjadi raja Kelantan, bergelar Sultan Muhammad II. Baginda juga dikenali sebagai Marhum Tua. Baginda merupakan sultan yang paling lama memerintah negeri Kelantan, kira-kira 49 tahun.

Selepas berlakunya perang saudara di Kelantan pada tahun 1837, Baginda telah berpindah dari istana di Kota Sekebun Semesta ke suatu tempat di sebelah tebing kiri di hilir Sungai Kelantan. Baginda telah mendirikan sebuah kota dan sebuah istana kayu yang besar di tampat itu. Istana Kayu yang dibina sebagai Istana Balai Besar.

Istana Balai Besar diilhamkan daripada seni bina istana raja-raja Melayu yang terdapat di Pattani, Thailand dengan pengaruh unsur seni bina Jawa. Kayu yang digunakan ialah kayu Cengal. Tukang kayu yang bertanggungjawab dalam pembinaan bangunan istana ini dikenali sebagai Salleh. Bangunan ini menjadi tempat bersemayam Sultan Muhammad II sehinggalah baginda mangkat pada 1886.

Selepas itu Istana Balai Besar menjadi tempat bersemayam putera baginda yang sulung, Long Ahmad yang diangkat menjadi Sultan Kelantan menggantikan ayahanda baginda. Sultan Ahmad mangkat pada tahun 1889 dan putera baginda yang bernama Tengku Kundur dilantik menjadi Sultan Kelantan, bergelar Sultan Muhammad III. Majlis pertabalan baginda diadakan di Istana Balai Besar.

Long Senik dilantik menjadi sultan selepas kemangkatan Sultan Mansur pada tahun 1900. Baginda memakai gelaran Sultan Muhammad IV (1900-1920). Istiadat pertabalan baginda diadakan di Istana Balai Besar tetapi baginda bersemayam di Istana Jahar.

Istana Jahar terletak berhampiran dengan Istana Balai Besar. Istana ini dibina oleh Sultan Muhammad II pada tahun 1886 untuk cucunda baginda, Long Kundur yang dilantik menjadi Raja Bendahara. Oleh sebab itu istana ini dulunya dikenali sebagai Istana Raja Bendahara. Pada tahun 1920, Sultan Muhammad IV menukarkan nama itu kepada Istana Jahar, mengambil sempena nama sebatang pokok yang hanyut lalu masuk ke dalam kawasan istana semasa berlaku banjir besar. Selepas kejadian itu, beberapa batang pokok Jahar di tanam di perkarangan istana. Sejak itu Istana Jahar menjadi tempat bersemayam sultan-sultan yang memerintah Kelantan seterusnya sehingga Sultan Yahya Putera berpindah ke sebuah istana baru. Kini Istana Jahar dijadikan Muzium Negeri Kelantan.

Di belakang Istana Jahar terdapat sebuah istana lain, Istana Seri Akar. Istana ini dibina pada akhir pemerintahan Sultan Muhammad II untuk dihadiahkan kepada cucunda baginda yang bernama Tengku Kembang Puteri atau ringkasnya Tengku Puteri.

Istana Akar terkenal sebagai tempat bersemayam bekas raja Melayu Pattani yang sudah tidak mempunyai negeri. Tengku Puteri berkahwin dengan dua orang raja Pattani, iaitu Tengku Putih dan selepas kemangkatannya pada tahun 1905, Tengku Abdul Kadir. Istana ini kemudiannya diwariskan kepada putera Tengku Puteri, Tengku Zainal Abidin yang bergelar Seri Akar Diraja. Apabila Tengku Seri Akar mangkat pada tahun 1933, istana ini ditinggalkan kepada puterinya yang bernama Tengku Muniratul Sahiah. Sejak tahun 1960-an, Istana Seri Akar tidak lagi diduduki.

Kini seluruh bangunan istana itu mengalami kerosakan dan yang tinggal hanya bangunan Balai Penghadapan.